Es ist wahrscheinlich, dass die Burg von Fagagna zu Beginn des 10. Jahrhunderts als Befestigung einer einfacheren Verteidigung errichtet wurde, um die Invasionen der Ungarn abzuwehren. Das Gebiet, das seit dem 1. Jahrhundert n. Chr. bewohnt ist und mit der Pieve von Santa Maria Assunta aus dem 5.-6. Jahrhundert, aber in den Chroniken seit 1247 erwähnt, wird erstmals 983 in einer Liste von Burgen genannt, die vom Kaiser Otto II. von Sachsen der Kirche von Aquileia geschenkt wurden. Die andere Burg, die von Villalta, wurde ab 1216 erwähnt. Von Borgo Paludo und Borc di Piç, Kernen der freien Gemeinschaft, die sich bis 1420 gebildet hatte, gibt es Nachrichten seit 1364.

Der Name hat als Basis das lateinische fagus, Buche (daraus Faganeu und dann Fagagna), in Bezug auf die Wälder, die einst diesen Teil von Friaul bedeckten.