Nel luogo dove il 10 marzo 1498 fu autorizzata la costruzione di un capitello per sacre rappresentazioni, padre Stefano da Mantova iniziò a costruire un conventino francescano con chiesetta, intitolati a Santa Maria. 

Il luogo era in aperta campagna, nei pressi della importante strada, ai confini con le terre sestensi verso Ramuscello. L’edificazione si concluse nel 1526, come riportato nelle mattonelle dell’aula (dai rilievi architettonici dell’abside si propongono datazioni alla prima metà del Quattrocento?). Vi si venerava l’immagine su tela di una Madonna allattante coronata da angeli risalente alla fine del sec. XIV-primi XV di un anonimo Maestro di Cordovado, seguace di Tommaso da Modena (sull’altare oggi c’è una copia dell’originale che è conservato nel duomo nuovo di S. Andrea).

L’altare ha struttura lignea e poggia su un’ara di pietra rivestita da paliotto con mensole lignee.

Nel 1584 durante una visita del Vescovo venivano nominati ben cinque altari dedicati: il maggiore a Maria, gli altri a S. Antonio, al Cristo, alla Resurrezione, a Santa Maria.

È conservato un affresco di S. Francesco con lupo, commissionato dal padre guardiano nel 1635, probabilmente per scongiurare il pericolo dei lupi che infestavano, uccidendo, queste zone . La popolarità della chiesa è accertata dai pellegrinaggi che si svolsero in particolare nel periodo tra il 1607 e il 1648 (anche fino a tutto il 1700), e che vengono rilevati dei graffiti sui muri.

Nel 1656 il conventino venne soppresso e nel 1659 fu poi venduto a certo Francesco Zurlin per finanziare la guerra di Candia di Venezia contro i Turchi (1644-69). 

Da questa data sotto l’aspetto religioso la chiesa dipenderà dalla parrocchia di Cordovado, mentre civilmente subirà varie successioni, affittanze e vertenze giudiziarie (dal 1856 passò alla famiglia Zanardini, poi ai Freschi, ora alla famiglia Benvenuto).